中国—中东欧国家合作秘书处是中方机构，设在中国外交部，负责沟通协调中国—中东欧国家合作事宜、筹备领导人会晤和经贸论坛并落实有关成果。秘书处设秘书长、执行秘书长、副秘书长，目前分别由外交部王超副部长、欧洲司陈旭司长、欧洲司卢山参赞担任。秘书处现有20多家成员单位，分别是外交部、中联部、发展改革委、教育部、科技部、工业和信息化部、财政部、交通运输部、农业部、商务部、文化部、卫生计生委、人民银行、新闻出版广电总局、旅游局、铁路局、民航局、共青团中央、贸促会、全国友协、工商银行、开发银行、进出口银行、中国铁路总公司等。秘书处办公室设在外交部欧洲司，负责处理日常事务。
　　中东欧各国任命国家协调员负责与秘书处的协调，共同推进中国—中东欧国家合作。